Während der Fermentation wird die verarbeitete Biomasse durch Mikroorganismen in einem kontrollierten Prozess unter Ausschluss von Sauerstoff und bei einer geeigneten Prozesstemperatur abgebaut. Dabei wird ein Teil der in der Biomasse enthaltenen organischen Stoffe zu Biogas umgesetzt, einem Gemisch aus hauptsächlich Methan (CH₄) und Kohlenstoffdioxid (CO₂).

Zu diesem Zweck verfügt die Forschungs- und Demonstrationsplattform über zwei separate Reaktorlinien mit jeweils drei Fermentern. Sie unterscheiden sich in ihren Fermentern der ersten Stufe, ihrer Betriebsweise und dem maximalen Trockensubstanzgehalt der Substrate. Eine Linie verfügt dabei – wie beispielsweise in der landwirtschaftlichen Anwendung üblich – in der ersten Prozessstufe über einen Rührkesselreaktor. Die zweite Reaktorlinie setzt an dieser Stelle, wie es in der Behandlung organischer Abfälle weit verbreitet ist, einen Pfropfenstromreaktor ein. Die zweite und dritte Prozessstufe sind in beiden Reaktorlinien jeweils als Rührkesselreaktoren ausgeführt.

Diese technische Konfiguration ermöglicht einen direkten Vergleich der Reaktorsysteme, der Biogasqualitäten und -mengen jeder Fermenterstufe sowie des Einflusses der hydrothermalen Vorbehandlung auf die Substrate. Darüber hinaus kann die Methanausbeute über die einzelnen Prozessstufen hinweg in Abhängigkeit von variierenden Prozessparametern bewertet werden. Unter Berücksichtigung wirtschaftlicher und ökologischer Aspekte dient die Analyse der Methanausbeuten über die Prozessstufen hinweg als Planungsgrundlage für die Prozessskalierung und die Ermittlung von Betriebspunkten.